待得黑子野击退疑似坂本辰马的天道众鬼后，仔细的思索一番后，将吉田松阳的真相告诉了坂田银时、高杉晋助以及桂小太郎：500年前，龙脉的化身风神无用从风神道馆艺成出山，游历几年后以虚的名义投身于天道众，并组建了暗杀部队天照院，并担任第一任首领，之后便一直连任，直到在二十多年前，他遇到了开山大弟子胧。
在遇到年轻朝气的胧后，虚的脸上露出了第一次笑容，同时也让他对无尽岁月的厌倦，于是虚带着胧离开了天照院，但胧为了掩护虚，自愿被天道众带回去并继任天照院首领。
之后虚化名吉田松阳，创办了一家松下私塾，开始免费教学周围的子弟读书，此外他还在攘夷战场上“捡”回了食尸鬼坂田银时，将他带回了松下私塾，并把自己的佩刀叛逆之刃送给了坂田银时——坂田银时一直随身佩戴，直到开了万事屋后，寄放在了“糖分”匾额后。
不久，吉田松阳的松下私塾又吸引了讲武堂的高杉晋助和桂小太郎，于是在吉田松阳的魅力下，高杉晋助和桂小太郎二人与坂田银时一样成为了吉田松阳的学生，并成长为他最出色的三个弟子。
几年后，坂田银时、高杉晋助和桂小太郎三人陆续参加攘夷战场，并在时至攘夷战场中末期闯出了名头：白夜叉、紫修罗以及狂乱贵公子。同时也结识了来自风神道馆的黑子野太助，与土佐藩商家少爷坂本辰马！
但是幕府迫于天人武力，宣布开国投降并颁布“废刀令”，同时与天人联手开始对攘夷志士们进行大清缴，由于‘白夜叉’等人的关系，松下私塾被火烧毁，吉田松阳被在第十三代将军定定发动的宽政扫荡中因涉嫌结党营私而被幕府抓走。（松阳的死是天道众暗中所为。）
另一边，在战争中高杉晋助、桂小太郎被擒，坂田银时在两难的选择中选择了老师吉田松阳的意愿，保护好同伴们，从而亲手斩下老师的头——但实际上吉田松阳并未因此死亡，其真实身份是不老不死之身的天照院奈落首领虚，并且复活了被黑子野太助杀死的胧。
之后不久，坂田银时入狱，桂小太郎失踪，高杉晋助去了宇宙开始组建鬼兵队，而黑子野则跟着坂本辰马在宇宙游荡一圈后，决定回到地球加入警察组织。
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在听完黑子野陈述的真相后，坂田银时、高杉晋助和桂小太郎三人一阵沉默，因为他们完全没有想到事情竟然是这个样子，于是在这种诡异的气氛下，几人各自散场。
接下来的四个月后，在10月份的时候，黑子野的月中购物广场正式开业大吉，而他的折桂组也已经扩充到了一万成员，而在此期间，黑子野和万事屋也经历了一些事件：比如芙蓉篇，柳生篇，真选组**篇，阴阳师篇等等——由于黑子野的存在所以这些事件的结果也都朝着美好的方向发展。
与此同时，宇宙第一海贼春雨的第一师团在师团长狮岭的带领下，正式进驻地球，并驻扎在歌舞伎町东区，并怂恿东天王孔雀姬绑架西乡照彦，逼迫西天王西乡特盛联合起来，进攻歌舞伎町北天王泥水次郎长！
在此期间，南天王黑子野一直保持中立、并按兵不动，等到东、西、北天王打的不可开交的时候，突然联合真选组警察以及天人正规部队攻击歌舞伎町东的春雨第一师团，于是乎第一师团全军覆没，师团长狮岭被黑子野杀死。
而在此之前，黑子野也已经摆脱万事屋将西乡照彦救出来，紧接着黑子野便于西天王西乡特盛内外夹击，将东天王孔雀姬的辰罗部队尽数诛杀，而孔雀姬则被黑子野当众斩首！
然后黑子野把歌舞伎町东地盘据为己有，再一鼓作气进攻颓势已显的北天王泥水次郎长，激怒了泥水次郎长的女儿泥水平子号召剩下的沟鼠组成员抵抗，但却被泥水次郎长阻止了。泥水次郎长向黑子野表示自己已老，而且地球人不应该自相残杀，决定将歌舞伎町北地盘、势力和平交给黑子野。
但是泥水次郎长提出了两个条件：第一，让黑子野与泥水次郎长单独决战，只有打败了他才有资格继承歌舞伎町北。第二，让黑子野在泥水次郎长退隐后，好好照顾他的女儿泥水平子。
于是黑子野以双刀战胜泥水次郎长，将歌舞伎町东、南、北三区地盘、势力尽收麾下，而很快那毫无野心的西天王西乡特盛也主动将地盘与势力全盘交出，从此歌舞伎町所有地盘归为黑子野，成为天帝！
至于那泥水平子，黑子野则将她委托给了万事屋照顾，而银时则转而把泥水平子交给志村新八4小时贴身照顾——日后泥水平子和新八走到了一起，这却是后话不提。
接着黑子野便着手清理、收编歌舞伎町里的其他势力，并把攘夷激进派“创界党”众人逐一斩首，接着与银时、桂联手把歌舞伎町地下城吉原攻破，打残夜王凤仙，把他揪出来在曝日下活活晒死。
之后，黑子野的折桂组开始一点一点蚕食歌舞伎町内的天人势力，并暗杀天人大使馆，最后在新年来临前，将歌舞伎町的势力被黑子野完全掌握在手中。（四大天王篇完结）
新年过后，黑子野与万事屋合作解决了莲蓬篇、荆棘与蔷薇流氓篇、金魂篇、一国倾城篇、尾美一篇，将军暗杀篇、死神篇等，同样的，在黑子野强大的势力作用下，一切都向着美好的结局发展，其中黑子野也一时顺手把一桥派的德川喜喜宰了，所以征夷大将军还是由德川茂茂担任。
在做完这些后，黑子野集结了歌舞伎町的所有势力，吞并了整个江户，把天人暗地里的势力全部驱逐，同时，在宇宙中的高杉晋助在得知真相后，也成功联合春雨第七军团团长神威，发兵消灭第八师团，而师团长勾狼战死。
紧接着黑子野与高杉晋助合作，在天人正规军以及接受幕府命令的真选组、巡警组的协助下，对春雨发动攻击，消灭了除了二、三、四之外所有海贼师团，并杀掉了阿呆提督后，在洛阳星与三凶星的“冥王星”马董、“天王星”范堺与“海王星”猩觉旗下的第二、第三、第四军团决一死战。
适时因为黑子野剿灭春雨，大大损害了与春雨有所勾结的天道众利益，于是派十二天道众之一、天照院奈落三羽之一的虚，以及奈落三羽之二的胧和鬼（坂本辰马）协助春雨对抗黑子野的联合军队。
而黑子野这边阵营也引来了宇宙怪兽猎手神晃的加入，于是兵对兵、将对将，双方在洛阳星球展开一场厮杀：坂田银时VS马董，桂小太郎VS猩觉，高杉晋助VS范堺，黑子野太助VS鬼（坂本辰马），神威VS胧，神晃VS虚。
至于神乐和已成长为“剑八”的新八，以及今井信女则在一旁协助神晃对付虚，这场战争整整持续了三天三夜，并以黑子野阵营大获全胜结束：三凶星马董、猩觉和范堺身死，胧被神威打爆脑袋，之后便被黑子野斩首，而鬼（坂本辰马）恢复记忆，继而联手围攻虚，而虚也果断逃遁。（春雨篇完结）
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回到地球，坂本辰马将他所在天照院了解的讯息分享给了黑子野几人：原来天道众十二人乃是京都天皇的顾命大臣，背着天皇与太子结党营私，勾结天人与海贼，并暗中操控幕府讨伐武士，一切都是为了稳固他们的利益！
而太子之所以派人追杀黑子野太助，那是因为他乃是在京都后宫“二后夺嫡”之变的失败者中山庆子的儿子，也就是当今天皇的第二皇子祐宫！
而在二后夺嫡之变中，中山庆子一脉所有血亲尽数被皇后诛杀，唯独年幼的黑子野太助被他的授业师父飞天御剑流第十二代继承人比古清十郎所救，但奈何追兵实在太多，于是比古清十郎只身引开追兵，而二皇子祐宫则被他藏起来——而他所在的位置赫然就是风神道馆的附近，于是便被风神无敌收为风神流第三十六代弟子，命名为黑子野太助。
在得知这个真相后，黑子野决定一不做、二不休，直接挥师北上，打着“清君侧、锄奸逆”的旗号，开始招收义军，准备攻打京都，同时他自己则带着敢死小队直捣黄龙，潜入京都将太子党与天道众一干人等尽数斩首示众。（天道众篇完结）
而在此期间，黑子野也和授业师父飞天御剑流第十二代继承人比古清十郎
相遇：比古清十郎将飞天御剑流传授给了黑子野的同时，也把鬼武三刃最后一把“人生”以及白底红边的御神袍统统留给了黑子野，而黑子野也在征讨太子党的路途中，救下了一个叫做绯村心太的小孩...
最后，黑子野顺利为他在皇室中正名，恢复了皇子祐宫的名号，但不久他便被天皇赐名“睦仁”太子！并在天皇突然暴毙后，一举问鼎天皇之位，史称“明治天皇”。（未完待续）